Từ năm 1999, trường Mầm non Vĩnh Nguyên 2 được tách ra từ trường Mẫu giáo Vĩnh Nguyên, tọa lạc trên một con đường nhỏ số 104/3 Trần Phú, thuộc địa bàn Phường Vĩnh Nguyên, thành phố Nha Trang.
Trong những năm đầu thành lập, nhiều điểm trường với phòng học nhỏ hẹp, ẩm thấp với những khó khăn, vất vả và thiếu thốn cả về cơ sở vật chất. Nhưng bằng cả tấm lòng nhiệt huyết, bằng tình thương yêu vô vàng đối với trẻ, tập thể cán bộ - giáo viên - công nhân viên nhà trường luôn khắc phục, vượt khó khăn, cùng với sự quan tâm của chính quyền địa phương, của các cấp lãnh đạo, trường đã được sửa sang và xây dựng lại khang trang hơn.
Đến nay Trường Mầm Non Vĩnh Nguyên 2, tại 06 điểm trường đảo và đất liền như: Tây Sơn, Cầu đá, Trí Nguyên, Vũng Ngán, Bích Đầm đã được xây dựng chuẩn với đầy đủ các trang thiết bị, đồ dùng dạy học, đồ chơi… đáp ứng được nhu cầu giáo dục của nhà trường, tạo điều kiện tốt cho giáo viên và học sinh yên tâm dạy và học. Qua đó, phần nào thấy được sự vươn lên không ngừng về số lượng và chất lượng của nhà trường.
Với một đội ngũ giáo viên giàu kinh nghiệm và yêu nghề, cùng với sự dẫn dắt của đội ngũ cán bộ quản lý, đặc biệt là Bí thư chi bộ - Hiệu trưởng, đã đưa nhà trường gặt hái nhiều thành tích cao trong những năm gần đây như:
Năm học 2012 – 2013 đạt danh hiệu Tập thể lao động tiên tiến;
Năm học 2013 – 2014 đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc;
Năm học 2014 – 2015 đạt danh hiệu xuất Tập thể lao động sắc; được UBND Tỉnh tặng bằng khen…Liên đoàn lao động Tỉnh tặng bằng khen….
Hơn 39 năm phát triển với những thành tích đạt được Trường Mầm non Vĩnh Nguyên 2 đã khẳng định vị thế của mình và đã trở thành “thương hiệu niềm tin” của những bậc cha mẹ và của các cháu. Với mong muốn hướng tới sự phát triển toàn diện nhà trường, qua đó góp phần đắc lực thực hiện các mục tiêu, chiến lược phát triển kinh tế – xã hội tại địa phương và của Thành phố Nha Trang nói chung./.